Przed 6 tysiącami lat koczownicy semiccy osiedlili się koło źródła Gihon na południe od Starego Miasta. Uprawiali tam ziemię. Dwa tysiące lat później do Palestyny osiedlili się tam także Amoryci, - znani także jako Kananejczycy, wypierając pierwotną ludność tubylczą. Około 1650 r. p.n.e. z terenów wschodnich przybyli Hyksosi, posiadający szybkie wozy bojowe. Zapanowali oni nad całym obszarem zajmowanym przez Kananejczyków, tj. od Starego Miasta, aż po Egipt włącznie.
Wraz z nastaniem Nowego Państwa ( k. 1550 - 1075 p.n.e. ) Jerozolimą nadal władali faraonowie egipscy, którzy bezpośrednie sprawowanie władzy powierzyli lokalnym królom. Za panowania ''faraona-heretyka'' Echnatona, który wraz z kultem boga Atona wprowadził pierwszą na świecie religię monoteistyczną i wśród reform religijnych zaniedbał politykę zagraniczną. Wasale rządzący miastami kananejskimi usamodzielnili się, po czym przystąpili do zwalczania się wzajemnie w drodze zbrojnych potyczek. W tym czasie rozpoczęło się przejęcie ziemi przez plemiona izraelskie, które jednak nie były jeszcze dostatecznie silne, aby zdobyć miasto Jerozolimę, zwane wtedy przez nich Jebus. Mieszkańców Jerozolimy nazywano wtedy Jebusytami. Dopiero kiedy Dawid pobił Filistynów, mógł on około 998 r. p.n.e. wkroczyć do miasta i nadać mu jego dzisiejszą nazwę. Salomon, następca Dawida, podczas panowania ( k. 968 - 930 r. p.n.e. ) wzniósł Pierwszą Świątynię.
Jerozolima i biblijna wioska Betania koło Góry Oliwnej na skraju Pustyni Judzkiej.
Jerozolima w okresie Drugiej Świątyni
Model miasta Jerozolimy z okresu k. 1000 r. p.n.e.
Najniższe miejsce najstarszego ''Miasta Dawida'', leży wysokości
630 m nad poziomem morza. Świątynia położona była w najwyższym
punkcie Starego Miasta (785 m ), na górze Moria i została zbudowana
prawdopodobnie na miejscu przeddawidowej świątyni
W 587 r. p.n.e. Persowie najechali Palestynę, zdobyli miasto, zburzyli świątynię, a Żydów pojmali
i zrobili z nich niewolników. W niecałe sto lat potem skończyła się babilońska niewola, Żydzi powracający do stron ojczystych rozpoczęli odbudowę miasta i wznieśli drugi zespół świątynny.
W 332 r. p.n.e. Jerozolima dostała się we władanie Ptolomeusza, a w 198 roku do miasta wtargnęli Seleukidzi, którzy sprofanowali świątynię i zakazali praktyk religijnych. W 165 r. p.n.e. udało się Judzie Machabeuszowi odzyskać Jerozolimę i odbudować świątynię. W 69 r. p.n.e. Rzymianie przyłączyli Palestynę do swego cesarstwa, a Herod Wielki przy pomocy rzymskich legionów zdobył w 37 r. p.n.e. Jerozolimę. Wzniósł on tam nową świątynię, a obok niej pałac królewski dla siebie. W 66 r. n.e. wybuchło powstanie żydowskie przeciwko Rzymianom, które rozprzestrzeniło się z Jerozolimy na cały kraj. Dopiero cztery lata później Wespezjan i Tytus z legionami zdołali zdobyć Jerozolimę, którą następnie całkowicie zniszczyli. Po czterdziestu latach cesarz Hadrian objeżdżając Palestynę nakazał odbudowę miasta. W 132 roku doszło do drugiej rebelii, nazwanej od imienia jej przywódcy Bar Kochba. Tym razem Rzymianie potrzebowali trzech lat na stłumienie powstania i odtąd nie wolno było Żydom przekraczać bram Jerozolimy.
Podczas panowania Konstantyna Wielkiego wzniesiono w mieście pierwsze kościoły, zburzone następnie przez najeźdźców perskich w 614 roku. Podczas tego najazdu blisko 30 tysięcy chrześcijan straciło życie, a drugie tyle wywieziono jako niewolników. W 638 roku miał miejsce najazd wojsk islamskich, które po długim oblężeniu zdobyły Jerozolimę i zmieniły jej nazwę na
Al. Quds - ''Święta''. Na wzgórzu świątynnym kalif Abd al. Malik wzniósł w 687 roku sanktuarium islamskie Kopułę Na Skale. Kiedy w 1071 roku Turcy seldżuccy zajęli miasto, wstrzymali napływ pielgrzymów chrześcijańskich do miejsc świętych, w wyniku czego papież Urban II w 1095 roku podczas synodu w Clermont zawezwał chrześcijan do wyprawy krzyżowej. 14 czerwca 1099 roku wojska chrześcijańskie pod dowództwem Gotfryda Bouillon zdobyły Jerozolimę i wymordowali wielu muzułmańskich i żydowskich mieszkańców miasta. Panowanie krzyżowców w Jerozolimie zakończyli Turcy, którzy zdobyli miasto w 1244 roku i od tego czasu pozostawało ono pod władzą islamską. Sułtan osmański Sulejman II Wspaniały wzniósł nowe mury miasta. Za jego panowania powstało także wiele wspaniałych pałaców, meczetów, budowli publicznych i szkół koranicznych.
W 1917 roku, pod koniec I wojny światowej wojska gen. Allenby wygnały Turków z miasta
i z całej Palestyny. Od 1920 roku w mieście rezydował brytyjski Wysoki Komisarz Obszaru Mandatowego Palestyny. W 1948 roku doszło do Proklamacji państwa Izrael. Rok później, podczas pertraktacji na temat zawieszenia broni, przyznano Izraelowi zachodnią część Jerozolimy, podczas gdy jej wschodnia część przypadła Jordanii.
W czasie Wojny Sześciodniowej w 1967 roku Izraelczycy zajęli wschodnie dzielnice miasta i w 1980 roku ogłosili ''na nowo zjednoczoną'' Jerozolimę ''wieczną stolicą Izraela'', co nie zostało zaakceptowane przez ONZ, ani przez polityków arabskich i palestyńskich. Obecnie Jerozolima podzielona jest na cztery dzielnice : muzułmańską, żydowską, chrześcijańską i ormiańską.
Dolina Cedronu między Wzgórzem Świątynnym w Jerozolimie a Górą Oliwną.